Va nèixer a Barcelona l'any 1841 fill d'una familia benestant de burgesos comerciants. Aquest fet li permeté poder-se dedicar a les seves aficions periodístiques, polítiques i literàries sense haver de treballar. De fet sembla que la seva primera vocació no estaria ajustada a allò pel que veritablement el coneixem, ja que va ingressar a l'Escola de Belles Arts de Barcelona de la que va acabar per ser expulsat en criticar durament l'obra d'un dels seus professors. Com podem veure des de ben aviat es dibuixa un dels trets definidors de la personalitat d'Almirall: el seu caràcter inconformista i rebel.
L'any 1868 es va implicar en la revolta que va acabar amb la monarquia d'Isabel II. Ja tenia clar quin era el seu model per Espanya: una Espanya republicana i democràtica de caire federal tot seguint la inspiració nord-americana i suissa. Considerava que aquets era el model més adequat tenint en compte la calamitosa situació que vivia el pais en aquell moment amb una monarquia centralista, corrupta i censitària on encara sobrevivien molts dels trets característics de l'absolutisme. Almirall tenia les idees ben clares i ho va plasmar a
Bases para la Constitución federal de la Nación Española y para la del Estado de Cataluña. Observaciones sobre el modo de plantear la confederación en España. Però anava més ràpid d'allò que els temps marcaven ja que la monarquia borbònica havia estat derrocada, però Prim i d'altres generals plantejaven la seva substitució per una altra dinastia. Al 1869 va encapçalar una rebel.lió federal a Barcelona que va acabar en fracàs i empresonat a les Balears va aconseguir fugar-se a Alger d'on posteriorment passà a Marsella fins que es decretà una amnistia.
Tornà a Barcelona en honor de multituds i en haver estat elegit regior de l'Ajuntament es negà a ser alcalde de la ciutat per no haver de jurar fidelitat a la monarquia. Es dedicà donçs a diverses iniciatives periodístiques i a plasmar les seves idees per a quan arribés la república a Idea exacta de la Federación. Datos para la organización de la República federal Española. Al final la república va arribar l'any 1873 i es traslladà a Madrid, però tant que havia llluitat per ella es desencantà pel desastrós crus desl esdeveniments i retornà a Barcelona ocupant-se de diverses iniciatives filantrópiques.A partir de llavaors inicià un llarg silenci que trencà al 1879 aconseguint la primera fita important per al catalanisme amb la publicació del primer diari en llengua catalana que fou El diari Català.
Però Almirall ja havia trencat amb el federalisme polític representat per Pi i Margall, toti que seguia pensant que el federalisme seguia essent la millor fórmula possible per organitzar Espanya: una Espanya federal inspirada en el model nord-americà o suis tal i com revela a les seves obres. Catalunya vivia l'any 1880 un moment d'esplendor econòmic i cultural amb la Renaixença que adquirí dimensió política sota la fórmula del catalanisme i Almirall era la persona adequada en el moment adequat per encapçalar el catalanisme. Va presidir el Primer Congrès Catalanista del qual en va sorgir el Centre Català com organització encarregada de liderar totes les iniciatives d'un catalanisme en estat d'ebullició (defensa del dret civil català, del proteccionisme econòmic, de la normativització de la llengua catalana) i que tambè va encapçalar. El catalnaisme dona un nou pas endavant al 1883 amb el Segon Congrès Catalanista on es comença a dibuixar clarament amb el rebuig exprès a que cap catalanista militi en cap partit estatal per ser aquests ostatges del règim caciquil que des de Catalunya es combatia. Però el moment culminant per a Almirall arriba l'any 1885 amb la presentació davant Alfons XII del Memorial de Greuges on es plantegen per primer cop les aspiracions del catalanisme i el seu model per Espanya definit per una monarquia no de caire federal, sino regionalista seguint el model alemany o austro-hongarès. Qui li havia de dir al nostre protagonista que al cap i a la fi acabaria acceptant la legitimitat monàrquica!
Però a partir d'aqui Almirall iniciarà la seva decadència. Al 1886 publicarà a França el llibre España tal y como es on fa una crítica despiadada de la situació del pais i la seva obra més significativa Lo catalanisme primera exposició sistemàtica del catalanisme polític. Al 1888 sorprèn a tothom amb la seva oposició a la celebració de la Exposició Universal a Barcelona i organitza uns Jocs Florals paral.lels als oficials que havien estat presidits per la reina regent Maria Cristina i que comptarem amb la presència del gruix del moviment catalanista. De sobte, desprès del seu pragmatisme assolit l'any 1885 es radicalitzà de nou i fou absolutament arraconat perdent la presidència del Centre Català on va haver-hi una important escissió l'any 1887. Va morir l'any 1904 havent creat la biblioteca Evarist Arnús, una important col.lecció sobre llibres relacionats amb la masoneria.